许东的「AI生命科学」进化史:从90年代泡沫繁荣,到深度学习复兴( 九 )


密苏里州一直以来都因为“showmestate”出名 , 意为“索证之州” 。 许东把所有的细节都看了一遍 , 也让组里的人也测试深度学习 。 结果不出所料 , 深度学习在几个生物信息学的问题上有很大的提高 。
2012年 , 许东不顾所有人的质疑转向了深度学习 , 这是他人生中第二个重要时刻 。
此后 , 许东的课题组把深度学习在生物、医学上的应用作为第一研究方向 , 合作对象也从本系扩大到美国、中国高校 。
在深度学习的影响下 , 许东关注到农业植物作物、中医研究、单细胞数据分析、蛋白的分析、修饰、定位 , 结构预测等其他领域的课题 。
过去三年 , 许东第一大合作对象是俄亥俄州立大学的马勤教授 , 基于深度学习做单细胞基因测序的问题上发表了7篇有影响的文章 。
许东的课题变化依然有 , 但主线已放在了深度学习上 。
许东最直观的感受是 , 跳出原有的分子动力学模拟的框架后 , 反而做的东西更多了 , 合作对象也更多了 。 一个显著特点是 , 过去二十多年 , 许东所发表的论文中 , 作者少则四五人 , 多则十几人 , 合著期刊论文近300篇 , 会议论文和著作章节共计超百篇 。
在不同时刻 , 许东与不同人结成战友 , 迅速冲到科研落地最前线 , 而他自己 , 也从一名物理学者 , 逐渐蜕变为生物物理学者、再到生物信息学者 。
许东坦言 , “我们做交叉学科 , 谁都无法把一个问题的方方面面都解决 , 所以需要很多合作 , 在我身上就非常明显 。 ”
许东的老友徐鹰也讲过 , 许东做出了非常多的计算工具 , 如果没有他的生物物理背景 , 是做不出来的 。
在许东的理解里 , 他并不觉得自己成了“工具人” , 而是在那些合作中 , 和别人一起成就更多的事 , 而不是把研究仅仅当作饭碗或工作量 。
同是物理出身 , 后转向理论生命科学研究的郝柏林院士也曾讲过 , “要想做生物 , 不能当票友 , 这是一个义无反顾、全心全意研究生物的“中心” , 而不是出身物理学的人参与一些生物学的问题 。 ”
给18岁的许东一个答案在密大做研究 , 许东已经不知不觉做了二十年了 。
他每天七点起床 , 十二点前睡觉 , 每周都要审一篇稿 , 并且花大量的时间(包括周末和晚上)和组员及合作者讨论科研 , 这是许东二十多年来的常态 。
这些年来 , 许东好像没什么变化 , 他依旧同样对外界充满新鲜感 。
他爱拍照 , 出门时常带着一台相机 , 习惯将镜头对向自己之外的人 。 在他那里 , 好像随时能将视角切换到其他人 , 永远都有一种置身事外的能力 。
对于许东个体和科研总体而言 , 时常的“局外人”身份具有重要的意义 , 科学研究不能总以自己的位置作为参照 , 要时不时跳出来 , 在复杂多变的现象中看清最深刻自然的本质 。
许东的「AI生命科学」进化史:从90年代泡沫繁荣,到深度学习复兴
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许东所摄:仰望日食的阿米什人 , 拉斯维加斯羚羊谷
正是如此 , 在过去三十多年的时间里 , 许东趟过了生物信息学的泡沫期 , 与导师在那栋交叉研究大楼一起拼搏、与橡树岭同事们组成了生物信息学三剑客、又在密大亲身推动了交叉学科的建设、最后在漫长的科技长河中 , 找到了深度学习这对船桨 。
人过半百 , 许东还在做着他最喜欢的交叉学科研究 。 或许这也是即将58岁的许东 , 要给18岁的自己的一个回答 。
最后 , 许东谈到自己 , 说到 , “或许我永远做不到Klaus、MartinKarplus、Ruth那样的顶流 。 ”