许东的「AI生命科学」进化史:从90年代泡沫繁荣,到深度学习复兴( 五 )


葬礼那天 , 在西式的吊唁中 , 欢声笑语与掩面拭泪同步进行 。 Klaus在遗言中留给大家的最后一句话——“我不喜欢你们这样消沉 , 打起精神 , 还是像过去那样想起我 。 ”
回顾起与导师相处的那四年 , 许东说到 , Klaus是最感染自己的是他对自然与生命之美的洞察与挚爱 。 Klaus把自己大分子模拟的工作当成“分子显微镜” 。 他告诉朋友 , 生命之大美不仅仅在春天欢快的小鹿身上和秋天斑斓的落叶里面 , 也在我们肉眼看不到的生物大分子中间 。 他虽然不在了 , 他的学生们会继续他的事业 , 去探索更多的生命之美 。
直到现在 , 许东也坚信 , Klaus是他人生中最重要的一位老师 。
90年代的生信研究“寒武纪”1990年10月 , 经美国国会批准的人类基因组计划正式启动 。
这项大约耗资30亿美元来测定30亿个碱基对的国际计划 , 从美国迅速席卷到英、日、法、德、中等国家 。
许东的「AI生命科学」进化史:从90年代泡沫繁荣,到深度学习复兴】与此同时 , 这项研究也从多国政府间的合作小组 , 分散到诸多私营性质的基因研究机构中 。
其中 , 最具代表性的就是文特尔(J.C.Venter)创立了塞莱拉基因公司 , 并用1991年提出的“散弹法”新型测序技术 , 多次走到“国际人类基因计划”的前面 。
一场公私之间的科研赛跑 , 在三十年前拉开帷幕 。
1994年 , 由美国科学家约翰·莫尔特(JohnMoult)发起的全球蛋白质结构预测竞赛(CASP) , 召集科研界所有人士 , 开始了真正的较量 。
这个两年举办一次的竞赛 , 一亮相便吸引了计算机科学、生物物理学等不同领域的专家参与到蛋白质三维结构预测中 。 在那个年代 , 基因测序和蛋白质结构预测如火如荼 , 生物信息学(Bioinformatics)也成为了一门正式学科 。
许东的「AI生命科学」进化史:从90年代泡沫繁荣,到深度学习复兴
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贝克曼研究所大楼
那是波诡云谲的90年代 , 一段即将进入生命科学时代的“寒武纪大爆发” 。 许东所在的贝克曼研究所 , 就站在了浪潮最前沿 。
1993年 , 在那所大楼第五层的国家超级计算机应用中心(NCSA)中诞生的Mosaic浏览器 , 迅速在整栋大楼中传开 。 这样一个纯粹好玩儿的作品 , 成为点燃后来互联网热潮的火种之一 。
后来 , 网景导航者浏览器的开发工作 , 聘用了许多原有的Mosaic浏览器工程师 , 但是没有采用Mosaic网页浏览器的任何代码 。 传承网景浏览器代码的后裔为Firefox浏览器 。
在计算机技术的支持下 , 生物信息学迎来第一次黄金期 , 成为当时的前沿学科之一 。
1995年 , 许东博士毕业 。 他来到美国国立卫生研究院的国家癌症研究所 , 拿到了一份博士后工作 。 “在美国走学术这条路必须要读博士后 , RuthNussinov做的是蛋白的相互作用 , 我就进了她的组 。 ”
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许东在博士后办公室里
工作测序工作与生物信息学大火 , 带动了工业界对人才的渴求 。
在拜师Ruth门下时 , 许东曾看到一个制药公司一口气招了80多个生物信息学背景的人——全职 。 甚至一家公司猎头打电话找到许东 , 开出了他博士后的三倍薪资 , “会写C(语言)就够了 , 你还会用BLAST工具(生物大分子序列比对搜索工具) , 明天就来上班 。 ”
许东至今仍对那段时期印象深刻 , 尽管已经走上进了学术的大门 , 但依旧有不少公司想让他加入 。
去公司拿高额薪水 , 还是只拿三分之一做博士后?这个问题 , 事关内心最真实的选择 。